مؤسسة نهر الأردن منذ تأسيسها قبل 25 عاماً استمرت بتنفيذ وتطوير حلول لتمكين المجتمعات وحماية الطفل من خلال منهجيات عمل مبتكرة مكنتها من التكيف مع  المستقبل.
تعمل جلالة الملكة رانيا العبد الله على تطوير المؤسسة منذ تأسيسها، وبصفتها رئيسة مجلس الأمناء تتولى رئاسة اجتماعات مجلس الإدارة، وتقدم رؤيتها لضمان نمو واستمرارية برامج مؤسسة نهر الأردن طويلة الأجل، لإحداث التغيير الإيجابي والمستدام في المجتمع المحلي.
ويتكون مجلس أمناء المؤسسة من أفراد يمثلون القطاعين العام والخاص، وقطاع المؤسسات غير الربحية الذين يعملون على تقديم التوجيه والخبرة في عملية التطوير الاستراتيجي لبرامج مؤسسة نهر الأردن, ويعتبر هذا المجلس من دعائم المؤسسة الرئيسة حيث يعمل على رسم سياساتها واستراتيجياتها المؤسسية وإقرار برامجها بالإضافة إلى الخطط اللازمة لتنفيذها.
وتحافظ مؤسسة نهر الأردن على الشفافية والمساءلة الكاملتين، عبر تطبيق ممارسات عالمية في المحاسبة والإدارة المالية وأخلاقيات العمل.
كما يجري استعراض قضايا الأردن الاقتصادية والبيئية والاجتماعية بانتظام من قبل مجلس الأمناء، والعمل على التبني الفاعل لنماذج صديقة للبيئة ومستدامة عبر مشاريع ومبادرات المؤسسة.